Ante esta situación se convocó a un Congreso Americano en Lima, con la participación de Argentina, Bolivia, Chile, Colombia, Guatemala, Perú y Venezuela, y se llegó a la conclusión de que el asunto de las islas Chincha era un problema continental.

Mientras tanto, la escuadra española también amenazaba a nuestros vecinos sureños, bloqueando la costa chilena, incursionando en sus puertos y afectando su comercio.

En reacción, los chilenos capturaron la goleta española “Covadonga” que luego fue usada contra el Perú en la Guerra del Pacífico.

A las once y quince de la mañana, la escuadra española, tendida en una línea en forma de V, se acercó desafiante al puerto de El Callao. A la derecha, al sur del Callao, estaba la Numancia, seguida por las fragatas Almansa y Resolución. El sector de la izquierda o del norte, estaba formado por las fragatas Villa de Madrid, Berenguela y Blanca.

La corbeta Vencedora era el punto de intersección de la pirámide. Los barcos más pequeños se situaron atrás. Eran, en conjunto, la escuadra más formidable que había navegado las aguas del Pacífico americano.

La ciudad del Callao lucía embanderada, había sido abandonada por todos aquellos que no eran combatientes. El General Buendía había agrupado varios batallones para impedir un posible desembarco español. Entre El Callao y Bellavista se concentraban los bomberos limeños y chalacos.

Cerca de allí, los bomberos italianos, franceses, ingleses y alemanes portaban sus respectivas banderas nacionales. En el sector sur del Callao se preparon las defensas desde la torre de La Merced, el fuerte de Santa Rosa y la batería Chalaca, improvisada en 24 horas por una multitud.

En la zona de la “mar brava” se erigió la batería Zepita para evitar un posible desembarco. La línea del norte, al mando del coronel José Joaquín Inclán, estaba formada por el fuerte Ayacucho, la batería Independencia.

En el centro se hallaban los barcos peruanos Loa, Victoria, Tumbes, Sachaca y Colón, de poca o nula fuerza militar. Las fuerzas peruanas contaban apenas con 45 piezas de artillería contra 245 cañones españoles.

La participación extranjera en el combate fue muy importante porque se unieron en defensa del territorio peruano, soldados ecuatorianos, chilenos, bolivianos y hasta mexicanos, cuyos intereses también estaban en juego.

Al mediodía del 2 de Mayo de 1866, La Numancia, la mejor embarcación de la época, se puso al frente de las naves españolas y lanzó dos cañonazos que fueron respondidos por La Merced y las demás baterías.

La Villa de Madrid fue la primera baja española, puesta fuera de combate a las 12:20, con una granada con la que perdieron la vida 13 hombres y que abrió un enorme agujero en la nave. Luego, fueron averiadas la Berenguela y la Blanca.

En la torre de La Merced imperaba el desorden y la impericia de ciudadanos poco conocedores del arte de la guerra. Cuando a las 12:55 pm. una explosión en la torre mató a 27 personas, entre ellas, el Secretario de Guerra, José Gálvez, el ingeniero colombiano Cornelio Borda, el jefe de la torre, coronel graduado Enrique Montes, el capitán de artillería chileno Juan Salcedo, el coronel Toribio Zavala, hermano del ministro de Marina de España.

Nunca se supo el origen de la explosión, se dijo que fue una bomba del enemigo, una bomba de la batería Zepita o una bomba de la misma torre que explotó accidentalmente.

Después de la explosión, la torre y los alrededores exhibían un terrible cuadro de sangre, ceniza, tierra y retazos de uniformes. Sin embargo, la catástrofe no abatió a los defensores del Callao. La lucha siguió incesantemente y los actos de heroísmo también.

Una a una fueron cayendo las naves enemigas afectadas por los más de 200 disparos efectuados desde las torres. Aunque los españoles declararon luego que habían disparado dos mil granadas, ninguna llegó a neutralizar las baterías peruanas.

A las 2 de la tarde la Villa de Madrid abandonó el combate y fue remolcada por la Vencedora. Poco después se retiró también la Berenguela, que anegada comenzó a recostarse sobre su costado a babor.

A las 3 de la tarde la Resolución se retiró con serios desperfectos y la Almansa con agua e incendio a bordo. Quedaron la  Numancia y la Vencedora, ésta con disparos eventuales. A las 5 de la tarde, la nave capitana de los atacantes dio señal de cesar el combate, ordenó la retirada después de dar vivas a la reina. Los peruanos siguieron disparando hasta que los buques españoles estuvieron fuera del alcance de los cañones de sus baterías.